El club fue fundado en 1958 por Miguel Ángel Soto Bustamante y Antonio Martínez Barrios de la ciudad Colonial. El primer presidente del club fue Rogelio Toledo Estrada. Después de obtener el ascenso a la máxima división (Liga Mayor "A") en la temporada 1957/58, Antigua, que terminó tercero en la tabla de la liga 1959/60, pero no pudo mantener su nivel en los años siguientes, sufriendo el descenso después del 1964 temporada. Después de más de una década en la Liga Mayor B, la administración del club fue heredado por la Municipalidad de Antigua Guatemala, y en diciembre de 1976, obtuvo la promoción de nuevo a la Liga Mayor "A", pero fue relegado dos años más tarde como el número de equipos en el liga fue reducido de 18 a 12 equipos. La administración cambió de mando otra vez y el equipo ganó otra promoción en 1979 después de ganar un tercer partido playoff de desempate contra Juca en el Estadio Mateo Flores, que queda en la máxima categoría hasta 1983, cuando el último puesto final en la clasificación relegado una vez más.

El 1983 el descenso marcó el comienzo de un largo período de 16 años en los que el club cuando a través de la tensión financiera y no pudo regresar a la máxima categoría.

En 1998 la administración del equipo se le dio de nuevo a la Municipalidad y el Alcalde Víctor Hugo del Pozo (1996-2004) con gran esfuerzo y responsabilidad armó buen equipo y el 23 de mayo de 1999 se ganó un lugar en el que ahora se llama Liga Nacional presidido por Guillermo Navas (1998 - 2,002), en la cual estuvo compitiendo por 7 años, hasta que el 21 de mayo de 2006 descendió de nuevo a la Primera División.